L’Art. 5.3 della Circolare 36 del 6/12/2006 emessa dall’Agenzia delle Entrate fornisce dei chiarimenti a questo proposito, ammettendo la conservazione con le modalità tradizionali delle fatture in formato analogico a condizione che le stesse siano annotate in un apposito sezionale e numerate progressivamente con una distinta serie numerica in ordine cronologico, senza soluzione di continuità per periodo di imposta.

In presenza di questa condizione, dovrà essere eseguita un'unica modalità di conservazione per l'intero periodo d'imposta per ogni singolo cliente (es. la PA), in modo che le fatture emesse risultino annotate tutte nello stesso registro.

Qualora, infine, il contribuente decida nel corso del periodo di imposta di procedere alla conservazione elettronica delle fatture fino ad allora conservate in modalità tradizionale, dovrà applicare le medesime regole per tutte le fatture create o emesse a partire dall'inizio del periodo di imposta.

La numerazione delle fatture per sezionali si può effettuare a) riservando degli intervalli di numerazione senza rischio di sovrapposizione, ad esempio aggiungendo un ordine di grandezza al numero di fatture annuali emesse (es. se emetto 10,000 fatture/anno faccio partire un sezionale dal numero 100.000); b) aggiungendo un prefisso e/o un suffisso che esprime la denominazione del sezionale stesso. Nel momento in cui sottoscrive l’incarico di conservazione al Provider di Conservazione il fornitore della PA deve quindi scegliere una delle seguenti soluzioni:

•  , ad esempio: 000125, oppure 125 > nessun sezionale separato o sezionale con intervallo "fuori scala". 
  
•   , ad esempio: 2014-000125, oppure A/125 > sezionale 2014- o A/ 
  
•   , ad esempio: 000125 A, oppure 125 (2014A) > sezionale A o (2014A) 
  
•   , ad esempio: 2014-000125/A > sezionale 2014- … /A